Najstarsze wyobrażenie obecnego herbu Szubina pochodzi z 1616 roku. Na trzech różnych pieczęciach miejskich używanych od początku XVII wieku aż po pierwsze lata wieku XIX przedstawiony jest pelikan rozdzierający dziobem swą pierś i karmiący krwią z owej piersi trzy swoje pisklęta siedzące w gnieździe. Nad pelikanem widnieje skręcona w koło i związana chusta czyli nałęcz, herb potężnego w średniowieczu rodu Nałęczów, do którego od połowy XV wieku do połowy XVII wieku Szubin należał.

Po roku 1615 władze pruskie usunęły z godła miasta i pieczęci miejskiej Nałęcz, ale po odzyskaniu niepodległości w 1919 roku powrócono do dawnej formy herbu, jako że jest nim zawarty fragment dziejów Szubina.

Co do koloru, to pelikan i nałęcz winny być białe, gniazdo zielone, trzy krople krwi spływające z piersi czerwone. Tło herbu – czerwień.